Nach dem zweiten Weltkrieg wuchs die Zahl der evangelischen Christen im Stadtteil Eilendorf kontinuierlich an. Es gab für Gottesdienste und andere Gemeindeveranstaltungen provisorische Lösungen, z.B. Kneipen. Gleichzeitig entstand das Bedürfnis nach einer eigenen Kirche. Ein erster Bauplan wurde von Stolberger Dipl. Ing. Otto Gercke entworfen. Am 26. Oktober 1969 wurde der Grundstein gelegt und Richtfest gefeiert. Mit dem ersten Gottesdienst am 12. Juli 1970 wurde die Versöhnungskirche feierlich eingeweiht. Die Großen Fenster wurden durch den Glasmaler Peter Thomas aus Ophoven geschaffen. Der Altarraum wurde mit einem Metallrelief der Künstlerin Groß—Dicke ausgestaltet. 

Der Stadtteil Eilendorf gehörte kommunal ursprünglich zu Stolberg, und daher auch zur Stolberger Kirchengemeinde. Das änderte sich zum 1. Juli 1979, als die evangelische Gemeinde Eilendorf selbstständig wurde.

Seit 2009 gehört der Pfarrbezirk der Versöhnungskirche in Eilendorf zum Bereich Aachen Nord der Evangelischen Kirchengemeinde Aachen.

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